Sejarah pengelolaan pendapatan daerah di Kalimantan Utara berawal dari lahirnya provinsi ini sebagai provinsi ke-34 di Indonesia melalui Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2012 tentang Pembentukan Provinsi Kalimantan Utara. Sejak saat itu, kebutuhan akan lembaga yang secara khusus mengelola pendapatan daerah menjadi sangat penting, mengingat keberadaan Pendapatan Asli Daerah (PAD) merupakan fondasi utama dalam mendukung pembangunan dan pelayanan kepada masyarakat.

Sebagai jawaban atas kebutuhan tersebut, Pemerintah Provinsi Kalimantan Utara membentuk Badan Pengelola Pajak dan Retribusi Daerah (BPPRD) berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Kalimantan Utara Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah. BPPRD berfungsi sebagai unsur pelaksana pemerintah daerah di bidang pendapatan, yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah. Tugas pokok dan fungsi BPPRD dipertegas melalui Peraturan Gubernur Nomor 22 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Daerah Provinsi Kalimantan Utara, yaitu melaksanakan urusan pemerintahan daerah di bidang pajak, retribusi, dana perimbangan, serta pembinaan dan pengawasan pendapatan.

Jenis pajak daerah yang menjadi kewenangan BPPRD pada saat itu merujuk pada Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2009 tentang Pajak Daerah dan Retribusi Daerah, yang meliputi Pajak Kendaraan Bermotor (PKB), Bea Balik Nama Kendaraan Bermotor (BBN-KB), Pajak Bahan Bakar Kendaraan Bermotor (PBB-KB), Pajak Air Permukaan (PAP), dan Pajak Rokok. Ketentuan lebih lanjut mengenai pengelolaan pajak dan retribusi diatur dalam Peraturan Daerah Provinsi Kalimantan Utara Nomor 4 Tahun 2016 tentang Pajak Daerah dan Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2016 tentang Retribusi Pemakaian Kekayaan Daerah.

Dalam perjalanannya, nomenklatur BPPRD kemudian bertransformasi menjadi Badan Pendapatan Daerah (Bapenda). Perubahan ini tidak hanya sekadar penyesuaian nama, melainkan juga memperluas cakupan tugas dan fungsi, sehingga lembaga ini tidak hanya mengelola pajak dan retribusi, tetapi juga bertanggung jawab dalam perencanaan, pengendalian, serta evaluasi seluruh aspek pendapatan daerah. Perubahan tersebut semakin relevan setelah terbitnya Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2022 tentang Hubungan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Pemerintahan Daerah (UU HKPD), yang menata ulang sistem perpajakan daerah secara nasional. Sebagai tindak lanjut, Pemerintah Provinsi Kalimantan Utara menetapkan Peraturan Daerah Nomor 1 Tahun 2024 tentang Pajak Daerah dan Retribusi Daerah, yang memperkuat kedudukan Bapenda sekaligus menjadi landasan hukum terbaru dalam pengelolaan pendapatan daerah.

Saat ini, Bapenda Provinsi Kalimantan Utara dipimpin oleh Dr. Tomy Labo, S.E., M.Si. Di bawah kepemimpinannya, Bapenda berkomitmen untuk terus melakukan inovasi, mulai dari program pemutihan pajak kendaraan bermotor, penerapan sistem pembayaran non-tunai melalui QRIS, hingga pengawasan distribusi bahan bakar bersubsidi. Upaya-upaya tersebut tidak hanya meningkatkan kepatuhan wajib pajak, tetapi juga memperkuat transparansi dan akuntabilitas dalam pengelolaan pendapatan.

Dengan kerja keras dan dedikasi, Bapenda Provinsi Kalimantan Utara telah mencatat prestasi membanggakan, salah satunya adalah keberhasilan meraih APBD Award sebagai provinsi dengan realisasi peningkatan Pendapatan Asli Daerah (PAD) terbaik di Indonesia. Capaian ini menegaskan bahwa Bapenda bukan sekadar perangkat administratif, melainkan motor penggerak pembangunan daerah yang senantiasa hadir untuk mewujudkan kesejahteraan masyarakat Kalimantan Utara.