Badan Pengelola Pajak dan Retribusi Daerah (BPPRD) merupakan Organisasi Perangkat Daerah (OPD) Pemerintah Provinsi Kalimantan Utara yang diberikan kewenangan mengemban tugas dibidang pengelolaan keuangan daerah khususnya pendapatan asli daerah, sebagai mana diatur dalam Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah dan Undang-Undang Nomor 33 Tahun 2004 tentang perimbangan keuangan antara Pemerintahan Pusat dan Pemerintahan Daerah, dimana pemerintah daerah mempunyai hak untuk mengelola sumber pendapatan daerah antara lain Pajak Daerah dan Retribusi Daerah, dana bagi hasil dari pengelolaan sumber daya alam dan sumber daya lainnya yang berada di daerah, dan sumber-sumber pendapatan yang sah guna pembiayaan kegiatan pemerintahan, pembangunan dan kemasyarakatan.

Dasar hukum pembentukan Organisasi dan Struktur BPPRD adalah Peraturan Daerah Provinsi Kalimantan Utara Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Kalimantan Utara. Badan Pengelola Pajak dan Retribusi Daerah Provinsi Kalimantan Utara adalah unsur pelaksana Pemerintah Daerah yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah, mempunyai tugas dan fungsi untuk membantu Gubernur dalam menyelenggarakan sebagian tugas umum Pemerintahan dan Pembangunan dibidang Pendapatan Daerah serta tugas pembantuan dan tugas dekonsentrasi. Tugas Pokok Badan Pengelola Pajak dan Retribusi Daerah Kalimantan Utara berdasarkan Peraturan Gubernur Kalimantan Utara Nomor 22 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Daerah Provinsi Kalimantan Utara tanggal 28 November 2016 adalah melaksanakan urusan Pemerintahan daerah di bidang:

• Pajak Daerah
• Retribusi Daerah dan Pendapatan Lain-lain
• Dana Perimbangan
• Perencanaan
• Pembinaan
• Pengawasan Pendapatan

Jenis pajak daerah yang dipungut oleh Badan Pengelola Pajak dan Retribusi Daerah Kalimantan Utara bedasarkan Undang-Undang no 28 Tahun 2009 tentang Pajak Daerah dan Retribusi Daerah terdapat 5 jenis, antara lain:

• Pajak Kendaraan Bermotor
• Bea Balik Nama Kendaraan Bermotor
• Pajak Bahan Bakar Kendaraan Bermotor
• Pajak Air Permukaan, dan
• Pajak Rokok

Hal di atas tersebut diatur lebih lanjut di dalam Peraturan Daerah Provinsi Kalimantan Utara no 4 Tahun 2016 tentang Pajak Daerah. Sedangkan objek retribusi daerah yang dipungut Badan Pengelola Pajak dan Retribusi Daerah Kalimantan Utara adalah pemakaian kekayaan daerah yang diatur di dalam Peraturan Daerah Provinsi Kalimantan Utara no 3 Tahun 2016 tentang Retribusi Pemakaian Kekayaan Daerah.